При создании Hydrophobia Prophecy разработчики слегка улучшили графику, добавили несколько новых уровней, перезаписали озвучку и даже внесли некоторые изменения в сюжет. Кроме того, Dark Energy Digital учла многочисленные пожелания фанатов, собранные с помощью системы Hydrophobia Listening Post. К слову, разработчики и дальше планируют тесно сотрудничать с пользователями. Вместе с Hydrophobia Prophecy они запустят сервис Darknet, который позволит всем желающим высказать свои пожелания и предложения по развитию игры.